江户时代末期， 被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。
E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……
高中三年级的冬天。高中生活剩下的时间已经不多。这样下去总有一天会迎来毕业，任谁都是这么想的。直到他的突然归来。初中时一度搬迁到遥远城市的同级生。与不合时节的转学生的重逢，在他们想着“总有一天”会迎来结束的心情当中，鸣响了一声小小的起跑信号……
某一日，平凡的女生春日朱纪（三宅麻理惠 配音）在回老家的途中遭到了魔物的攻击，索性被少年鬼崎拓磨（杉田智和 配音）所救。之后，惊魂未定的朱纪被祖母告知，长久以来，村中封印着一把名为“鬼斩丸”的妖刀。而此刻，妖刀的魔力开始渐渐苏醒，从而吸引了大量魔物前来聚集。作为“玉衣”的唯一后人，朱纪拥有着将妖刀再次封印的能力和责任，为此，一场华丽的冒险就此展开。在朱纪的身边，出现了被称为“守护五家继承人”的男子们，保护朱纪的安全，就是他们的职责所在。除了鬼崎拓磨之外，还有傲娇自负的鸦取真弘（冈野浩介 配音），冷静温柔的狐邑祐一（浪川大辅 配音），年长可靠的大蛇卓（平川大辅 配音）等人。在斩妖除魔的同时，朱纪也和这些可靠的保护者们产生了深深的羁绊。
故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。
田中（小野贤章 配音）是1-F班的学生，身体孱弱的他长着一副宛如女孩子般的秀气面孔，讲起话来亦细声细语，还常常讲到一半就因为体力不支而睡着。无论何时，田中都是一副迷迷糊糊的困倦模样，生活中任何麻烦的事情都和他无缘。长相有些凶恶的太田（细谷佳正 配音）常常被人误认为是不良少年，但实际上，他却担任着田中身边“保姆”的职责，在生活之中对他照顾有加并且乐在其中。活泼开朗的元气少女宫野（高森奈津美 配音）一直暗恋着大姐头越前（诹访彩花 配音），为了能够成为和越前相配的同伴，宫野拜了田中为师，向他学习稳重慵懒之道。充满了欢乐的日常就此展开。
西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。
A.D.2199 Dec一年の締め括り、街は新年への期待で活気づいていた。そんな最中をSS級の統制機構反逆者にして史上最高額の賞金首、「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」が第十三階層都市「カグツチ」に出現したという情報が走り抜ける。対象「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」は別名「死神」と称され、その行動目的は統制機構の壊滅といわれている。対象に懸けられた高額な賞金や彼の所有する絶対無比の力を持つ魔道書を狙い、様々な者達がここ第十三階層都市「カグツチ」に集結する。
鲁邦三世与猫眼三姐妹进行竞争，打算偷走她们父亲的三联画，而这幅画将会是解开一个长期未解之谜的关键。
