故事发生在名为青鞜三之宫学院的学校里，这是一所校风非常严谨的学校，崇尚男卑女尊的风气，在学校里，所有的苦活累活都是男生做的，女生天生就站在食物链的顶端。不仅如此，学校里亦拒绝聘用男教师。天和响（岸祐二 配音）是刚刚从大学毕业的热血青年，鼓足了劲想要在教育界大展拳脚。为了付清房租，天和响必须在三之宫学院找到一份工作，在房东老太太的建议之下，他决定男扮女装，潜入学校之中。最终，天和响顺利的得到了体育老师的工作，但这只是一切的开始，等待着他的，除了无尽的问题和挑战外，还有对他虎视眈眈的校长。
在今天的电击20年祭相关活动中，正式宣布「萝球社」TV动画2期制作确定！而此次二期的标题确定为「萝球社！SS」标题中的SS意为SecondSeason，也可理解为小学生は最高だぜ！
故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》，从冰里长眠3000年，热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言，「带上这个时代最会玩的人！」，而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒，两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。天才游戏少年、前神明少女与伙伴们就此展开和至高神明的终极脑力大战！
堀京子是个美女，成绩也很好，在学校是班级的中心人物。 有一天，同班同学宫村把受伤的堀的弟弟创太送到家里，与堀的距离缩短了… 宫村以护城河为契机与同学们加深了交流。 因为和大家联系而变得鲜艳的日子。 那样的每天，青春堵塞了的超微碳酸系学校生活！
武笠美姬（宫下早纪 配音）是一个老实本分，个性非常内向的女孩。因为不爱说话，他生活里也交不到什么朋友，本以为这样孤单的日子将一直伴随着她到毕业。直到有一天，美姬在机缘巧合之下邂逅了名为高屋敷绫（高野麻里佳 配音）的女孩。绫的个性和美姬大相径庭，是一个喜怒哀乐都表现在脸上的女孩，个性大大咧咧又开朗热情，在绫的带领下，美姬第一次接触到了桌游。爽朗稳重有条不紊的班长大野翠（富田美忧 配音），以成为桌游设计师为目标的，来自德国的美少女转校生艾米莉亚（市道真央 配音），在一家名为骰子俱乐部的桌游店里，美少女们欢快的课后时光拉开了序幕。
