从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
1999年，一艘高精尖的外太空飞船坠落南太平洋岛，这一时间改变了战争频繁的地球历史。经过十年的研究，人类修复并重建太空船，并将其命名为“太空堡垒”。正当人类沉浸在一片自豪与喜悦中时，来自银河深处的天顶星人逼近地球，从早期的格罗佛船长、瑞克、麦克斯，到来自泰洛星的机器人统治者与让那率领的南十字军ATAC15小队爆发的第二次宇宙大战，再到已经实现外太空殖民的地球人与依靠史前能量生存的因维人的地球争夺战，接连三次宇宙大战，无数英雄登场，地球人与外星人长达半个多世纪的浩大战争相继呈现……本片由由美国金和声公司（Harmony Gold）根据《超时空要塞》、《超时空骑团》、《机甲创世纪》3部日本动画重新剪辑改编而成的85集长篇动画。
