故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
一之濑海（齐藤壮马 配音）自幼就非常热爱钢琴这门乐器，是公认的天才钢琴少年。一次偶然中，海在森林里发现了一架废弃的钢琴，只有海能够通过这架钢琴演奏出美妙的音乐。这架特殊的钢琴锻炼了海的演奏技巧，让他获得了和常人比更多的经验。阿字野壮介（诹访部顺一 配音）曾经也是一名天才钢琴师，然而，一场意外的车祸让他不得不告别了自己的职业生涯，对过去耿耿于怀的壮介成为了海的叔父，将自己未能完成的期望寄托在了他的身上。雨宫修平（花江夏树 配音）是海宿命般的对手，两人亦敌亦友，互相竞争，齐头并进。
故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。
这是和数个怪异交织在一起的微不足道的友情和别离的故事。返老还童的怪异“月读的变若水”，绝对不能读出声来的“异界之歌”，来路不明的书不知不觉间排列在书架上“逆偷盗的本”，神隐的实况记录报告“仙境异闻”···首都范围内的某个中心车站，这个小镇究竟在发生著什么…… 残留在令和世上最后的迷宫，“现代怪异”的mystery 志愿成为不足为道的小说家，绪川董子和搭档的童颜细目的魔少年化野莲发起了挑战!追求的是超自然知识和体力的胜负。在解开这个小镇涌现出的数个怪异的二人前方等待的是…
剧情接《倾物语》，在与忍野忍结束时间跳跃后回到当代的阿良良木历，向八九寺真宵归还遗落在阿良良木家的背包后，在路上却遭到不明物「暗（くらやみ）」的袭击。危机之际，被斧乃木余切搭救。在「叡考塾」废墟中，小忍向历讲述了自己400年前在日本与第一任眷属的相遇和遭到「暗」的袭击的经过。 再次遭到「暗」袭击的历与小忍失去了联系，最后在神秘的卧烟伊豆湖的帮助下得知了「暗」的正体是追杀偏离了怪异之道的怪异的非存在，而追杀的目标不是小忍而是八九寺真宵。 由于母亲节时得到阿良良木历的帮助，真宵回到了自己的家，而此刻的真宵已经成佛，但是真宵却迟迟不去那个世界报到，依然留在这个小镇。让人迷路的怪异「迷牛」却不再让人迷路，真宵已经偏离了怪异之道，因此，「暗」出现了，要将八九寺以及目击到八九寺的人类全部吞噬。最后，为保全大家，真宵含笑成佛。 《鬼物语》的时间顺序大致与猫物语（白）处于同一时间段，故事发生在《倾物语》之后，《囮物语》之前。 “不努力解除误会，等同於说谎。” 栖息于阿良良木历影子里的吸血鬼──忍野忍。 从她的记忆中唤醒，“超越怪异的威胁”是……!? 美丽吸血鬼的独白超越时空，吞噬现在── 这就是现代的怪异！怪异！怪异！ 这个谎言，你肯定也早已知晓。
